imagesフォルダ内にサブフォルダを作成し、テクスチャアトラスを画像フォルダごとに書き出すように設定しエクスポートしたところ.atlas(.atlas.txt)にテクスチャアトラス一枚分の情報しか載りません。4.2.09-betaバージョンまで下げると正常に書き出されますが、それ以降〜最新バージョンまででは正常に書き出されません。
書き出しとテクスチャーパッカーの設定は画像のようにしています。